大學部
    配合本校教育目標之一：理論與實際結合，本系特別規劃校外實習及論文專題研究二選一之必修課程。並要求學生於四年級下學期繳交學士論文一份，方給予分數。 本系缺乏證照相關之考試，證明學生能力之主要依據。除在校成績外，最主要仍為成品著作。為達此目的仍設計課程排除過去以閱讀文獻而編寫的學士論文，改為以實作並仿造碩士論文寫作規訂，要求大學部學生必需於大三時從事實驗，而於大四時進行口頭報告並將成果編寫成學士論文後，才依口試及論文分數合併給一分數。此門科目雖僅一學分，但為必修科目，形如畢業門檻。

特色：
　1.每個學生必需獨力完成。
　2.全系老師共同參與 。
　3.為減輕負荷以校內專題及校外專題二選一之方式進行。
　4.學生充分參與。
　5.提供研究人力。

碩士班 

本系碩士班設有實用型課程、研究型課程等專業領域學程，可提供學生依自己研究興趣選項修讀。本系教師都是國內外知名大學的博士，陣容整齊、年輕熱忱。 且擁有醫藥生物科技、農業生物科技、生技管理、應用生物技術、微生物生物技術等領域完整的師資群。本系教師研究風氣優良，師生定期聚會討論，申請計畫，研究發表, 近三年SCI文章發表近500篇, 為一極富競爭及研發能力之研究所。系上所設之:食藥用菇類栽培與應用研究中心及水稻生技研究皆己聞名於國內。

本系碩士班學生除了完成畢業學分修習外，須於修業期間內，完成下列學習成果之一項，方可進行學位考試 (入學本研究所前之學習成果不得計入)。

一、研討會論文發表：以第一作者身分發表於學術研討會。若指導教授為第一作者碩士生可為第二作者。一般生至少需一篇。惟須檢具論文摘要影本、研討會議程表或出席研討會證明。

二、期刊論文:以第一作者身分發表於具審查制度之國內外期刊，一般生至少一篇，須檢具論文抽印本。

特色:

  1. 每個學生必需獨力完成。
  2. 學習發表自我研究成果。

  3. 強化學生國際觀。