本系之設立由「生物資訊研究所」為起點（民國91年設立）再加入生物科技相關學程，於92年創立「生物科技學系」及碩士班，並於同年度開始正式招生。

　　由於生物與資訊兩大領域是相輔相成，密不可分，為了達到教學與研究的整合，促進生物與資訊兩領域師資形成研究團隊，使教育形成更好的團隊，經教育部建議，本校於93學年度，將原本獨立之「生物資訊學系」大學部納入「生物科技學系」，使本系形成生科組及生資組之架構，生資所(含碩士在職進修專班)也於94學年併入，並將系名更改為「生物科技與生物資訊學系」。

　　為使系所更具獨特發展空間，96學年度再次分開獨立為「生物科技學系」。